Construida a finales del siglo XV, la iglesia de San Antón no es la más antigua de Bilbao pero sí una de las más características. Se encuentra a orillas de la ría y junto al mercado de la Ribera. Es tan importante que aparece, junto con el puente de San Antón, en el escudo de Bilbao.
Casi trescientos años antes de que se levantara la primera iglesia, existía en este mismo lugar un almacén de mercancías construido junto a la Ría por el que cruzaban las caravanas cargadas con lana procedente de Castilla, así como un pequeño puerto. Cuando en 1300 Don Diego López de Haro otorgó Carta Puebla a la villa la antigua lonja fue incorporada al recinto urbano recién creado, delimitado por una muralla que servía tanto de defensa como para proteger a la villa de las posibles inundaciones.
Los cimientos de esa muralla han sido excavados y resultan visibles al visitante en la parte del altar, donde también se aprecian restos de la cabecera de primera iglesia. También se han recuperado restos del antiguo cementerio que albergó el interior de la iglesia desde sus orígenes hasta el siglo XIX.
La Iglesia actual, de estilo gótico, fue construida entre 1546 y 1548, aunque su frontón es de estilo renacentista y la torre barroca. Su interior alberga interesantes obras de numerosos artista como Luis Paret, Manuel Losada o Guiot de Beaugrant.
La iglesia de San Antón cuenta con el que tal vez sea el más grande órgano romántico francés de la Villa. construido por Charles Mutin en 1901, digno sucesor de Aristide Cavaillé-Coll al frente de su famoso taller de organería, se trata de un instrumento de una gran calidad, construido según la tradición romántica sinfónica francesa.
Un detalle de la iglesia de San Antón que muy poca gente conoce es el motivo de la existencia de una puerta en el lateral de la Capilla de Santa Lucía. Lo extraño de la puerta es que debería comunicar con La Ribera, pero en el exterior no existe ninguna puerta aunque, para un observador atento, si se pueden intuir en la pared trazos de su existencia en otros tiempos. Desde el interior y en la actualidad, aunque la puerta se sigue manteniendo en el mismo lugar, lo cierto es que no conduce a ningún sitio, está cegada. Sin embargo, si la abrimos, todavía se puede ver el inicio de unas escaleras que mueren en la pared al poco de iniciarse. Es sabido que siglos atrás el ayuntamiento y el consulado estaban pegados a la iglesia, por lo que se cree, que era un acceso más rápido y directo para que los altos cargos se comunicaran.
Un dato curioso sobre esta iglesia es que debido a que San Antón es el patrón de los animales, cada mes de enero la gente lleva a sus mascotas a la iglesia para que el párroco los bendiga. Esta es una tradición que se lleva celebrando durante muchos años.